Project ID: plumID:21.021
Source: FFH_scripts/plumed_FFH.dat
Originally used with PLUMED version: 2.7-mod
Stable: raw zipped stdout - stderr
Master: raw zipped stdout - stderr

UNITS NATURAL
d1: DISTANCE ATOMS=1,2 COMPONENTS
d2: DISTANCE ATOMS=1,3 COMPONENTS

ff: MATHEVAL ARG=d1.x,d1.y,d1.z,d2.x,d2.y,d2.z VAR=x0,x1,x2,x3,x4,x5 PERIODIC=NO FUNC=10.0*exp(-4.0*(x0-1.0)^2-4.0*(x1-1.0)^2-4.0*(x2-1.0)^2-4.0*(x3-1.0)^2-4.0*(x4-1.0)^2-4.0*(x5-1.0)^2)+10.0*exp(-4.0*(x0-1.0)^2-4.0*(x1-1.0)^2-4.0*(x2-1.0)^2-4.0*(x3-1.0)^2-4.0*(x4-1.0)^2-4.0*(x5+1.0)^2)+10.0*exp(-4.0*(x0-1.0)^2-4.0*(x1-1.0)^2-4.0*(x2-1.0)^2-4.0*(x3-1.0)^2-4.0*(x4+1.0)^2-4.0*(x5-1.0)^2)+10.0*exp(-4.0*(x0-1.0)^2-4.0*(x1-1.0)^2-4.0*(x2-1.0)^2-4.0*(x3+1.0)^2-4.0*(x4-1.0)^2-4.0*(x5+1.0)^2)+10.0*exp(-4.0*(x0-1.0)^2-4.0*(x1-1.0)^2-4.0*(x2+1.0)^2-4.0*(x3-1.0)^2-4.0*(x4+1.0)^2-4.0*(x5-1.0)^2)+10.0*exp(-4.0*(x0-1.0)^2-4.0*(x1+1.0)^2-4.0*(x2-1.0)^2-4.0*(x3+1.0)^2-4.0*(x4-1.0)^2-4.0*(x5+1.0)^2)+10.0*exp(-4.0*(x0+1.0)^2-4.0*(x1-1.0)^2-4.0*(x2+1.0)^2-4.0*(x3-1.0)^2-4.0*(x4+1.0)^2-4.0*(x5-1.0)^2)+10.0/(1.0/(25.0*(x0+1)^2+25.0*(x1-1)^2+25.0*(x2+1)^2+25.0*(x3-1)^2+25.0*(x4+1)^2+25.0*(x5-1)^2+1)+1.0/(25.0*(x0-1)^2+25.0*(x1+1)^2+25.0*(x2-1)^2+25.0*(x3+1)^2+25.0*(x4-1)^2+25.0*(x5+1)^2+1)+1.0/(25.0*(x0-1)^2+25.0*(x1-1)^2+25.0*(x2+1)^2+25.0*(x3-1)^2+25.0*(x4+1)^2+25.0*(x5-1)^2+1)+1.0/(25.0*(x0-1)^2+25.0*(x1-1)^2+25.0*(x2-1)^2+25.0*(x3+1)^2+25.0*(x4-1)^2+25.0*(x5+1)^2+1)+1.0/(25.0*(x0-1)^2+25.0*(x1-1)^2+25.0*(x2-1)^2+25.0*(x3-1)^2+25.0*(x4+1)^2+25.0*(x5-1)^2+1)+1.0/(25.0*(x0-1)^2+25.0*(x1-1)^2+25.0*(x2-1)^2+25.0*(x3-1)^2+25.0*(x4-1)^2+25.0*(x5+1)^2+1)+1.0/(25.0*(x0-1)^2+25.0*(x1-1)^2+25.0*(x2-1)^2+25.0*(x3-1)^2+25.0*(x4-1)^2+25.0*(x5-1)^2+1)+1.0/(16.0*(-0.559016994374948*x0+0.25*x1-0.25*x2+0.25*x3+x4+0.25*x5+0.559016994374948)^2.0+16.0*(-0.559016994374948*x0+0.25*x1+x2+0.25*x3-0.25*x4+0.25*x5+0.559016994374948)^2.0+16.0*(0.559016994374948*x0-0.25*x1+0.25*x2-0.25*x3+0.25*x4+x5-0.559016994374948)^2.0+16.0*(0.559016994374948*x0-0.25*x1+0.25*x2+x3+0.25*x4-0.25*x5-0.559016994374948)^2.0+16.0*(0.559016994374948*x0+x1+0.25*x2-0.25*x3+0.25*x4-0.25*x5-0.559016994374948)^2.0+1.0)+1.0/(12.9006803429558*(-0.568313630059616*x0-0.392078407514904*x1+0.392078407514904*x2-0.392078407514904*x3+0.392078407514904*x4+x5)^2.0+12.9006803429558*(-0.568313630059616*x0-0.392078407514904*x1+0.392078407514904*x2+x3+0.392078407514904*x4-0.392078407514904*x5)^2.0+12.9006803429558*(-0.568313630059616*x0+x1+0.392078407514904*x2-0.392078407514904*x3+0.392078407514904*x4-0.392078407514904*x5)^2.0+12.9006803429558*(0.568313630059616*x0+0.392078407514904*x1-0.392078407514904*x2+0.392078407514904*x3+x4+0.392078407514904*x5)^2.0+12.9006803429558*(0.568313630059616*x0+0.392078407514904*x1+x2+0.392078407514904*x3-0.392078407514904*x4+0.392078407514904*x5)^2.0+1.0)+1.0/(25.0*(x1-1)^2.0+14.0625*(-0.666666666666667*x0+0.333333333333333*x2-0.333333333333333*x3+0.333333333333333*x4+x5+0.666666666666667)^2.0+14.0625*(-0.666666666666667*x0+0.333333333333333*x2+x3+0.333333333333333*x4-0.333333333333333*x5+0.666666666666667)^2.0+14.0625*(0.666666666666667*x0-0.333333333333333*x2+0.333333333333333*x3+x4+0.333333333333333*x5-0.666666666666667)^2.0+14.0625*(0.666666666666667*x0+x2+0.333333333333333*x3-0.333333333333333*x4+0.333333333333333*x5-0.666666666666667)^2.0+1.0)+1.0/(25.0*(x1-1)^2.0+25.0*(x3-1)^2.0+25.0*(x5-1)^2.0+15.5502116982037*(0.732050807568877*x0-x2+0.267949192431122*x4)^2.0+15.5502116982037*(0.732050807568877*x0+0.267949192431122*x2-x4)^2.0+1.0)+1.0/(25.0*(x1-1)^2.0+25.0*(x2-1)^2.0+11.1111111111111*(-0.866025403784439*x0+0.5*x3+x4+0.5*x5+0.866025403784439)^2.0+11.1111111111111*(0.866025403784439*x0-0.5*x3+0.5*x4+x5-0.866025403784439)^2.0+11.1111111111111*(0.866025403784439*x0+x3+0.5*x4-0.5*x5-0.866025403784439)^2.0+1.0)+1.0/(25.0*(x1-1)^2.0+25.0*(x2-1)^2.0+25.0*(x3-1)^2.0+12.5*(-x0+0.707106781186548*x4+0.707106781186547*x5+1)^2.0+12.5*(x0+0.707106781186547*x4+0.707106781186548*x5-1)^2.0+1.0)+1.0/(25.0*(x0-1)^2.0+25.0*(x1-1)^2.0+25.0*(x2-1)^2.0+25.0*(x3-1)^2.0+25.0*(x4-1)^2.0+1))
bb: BIASVALUE ARG=ff

atlas: ATLAS ...
 ARG=d1.x,d1.y,d1.z,d2.x,d2.y,d2.z REFERENCE=cluster.dat PACE=500 
SIGMA=0.2   BIASFACTOR=10 HEIGHT=2.0 
 GRID_MAX=5.0 GRID_BIN=500 TEMP=1 TRUNCATE_GRIDS 
REGULARISE=1E-8 
ADAPTIVE_WALL=1.0 
STATIC_WALL=0.0 
... 

PRINT ARG=atlas,atlas_wtfact FILE=atlas.global_bias STRIDE=500 
PRINT ARG=atlas_adaptive_wall FILE=atlas.wall STRIDE=500 
PRINT ARG=d1.x,d1.y,d1.z,d2.x,d2.y,d2.z FILE=colvar STRIDE=500